Η δεύτερη σεζόν συνεχίζεται από το φινάλε της προηγούμενης σεζόν, κατά την οποία ο Ian Thomas (Ryan Merriman), θεωρείται ότι έχει σκοτωθεί σε ένα περιστατικό στην κορυφή του καμπαναριού, αλλά έχει επίσης κατηγορηθεί για την δολοφονία της Alison. Μετά το περιστατικό, οι κοπέλες εξαναγκάζονται να κρατήσουν ένα μυστικό και να παρακολουθήσουν κάποιες συνεδρίες θεραπείας. Τα κορίτσια δεν μπορούν να ανοιχτούν στο θεραπευτή τους Sullivan, σχετικά με τον «Α». Σπένσερ αρχίζει να υποψιάζεται ότι ο Ian είναι ζωντανός όταν Melissa λαμβάνει μηνύματα στο το τηλέφωνό της. Τα κορίτσια ακολουθώντας μια μέρα την Melissa βλέπουν το νεκρό σώμα του Ian, μαζί με ένα σημείωμα αυτοκτονίας, παραδέχεται ότι σκότωσε την Alison, όμως τα κορίτσια αργότερα ανακαλύπτουν ότι το σημείωμα αυτοκτονίας του Ian ήταν μια απάτη και ότι δεν ήταν ο Ian αυτός που σκότωσε την Alison. Τελικά τα κορίτσια ομολόγησαν στον Δρ Sullivan για το «Α». Απλά, όταν ο Δρ Sullivan ήταν σε θέση να εντοπίσει τα πρόσωπο του «Α» , εξαφανίζεται. Αργότερα ο «Α» αποκαλύπτει ότι έχει τον Δρ Sullivan και κάνει τα κορίτσια να νομίζουν ότι βρίσκονται σε κίνδυνο, ωστόσο αποκαλύπτεται ότι είναι πάλι μια παγίδα του μια παγίδα του «Α» , καθώς τα κορίτσια συνελήφθησαν.
Το δεύτερο μισό ασχολείται με τα κορίτσια τα οποία είναι πιο αποφασισμένα να ανακαλύψουν ποιος είναι ο «Α». Έστησαν ένα σχέδιο για να ξεγελάσουν τον «A» αλλά το σχέδιο είχε μέτρια επιτυχία. Τα κορίτσια (εκτός από τη Hanna) ζητούν τη βοήθειά του Χάλεβ. Κάποιες έρευνές τους τους οδηγούν αργότερα στο Lost Woods reasort, όπου εκεί βρισκόταν η φωλιά του «Α» . Εν τω μεταξύ ο Garrett συλλαμβάνεται για τη δολοφονία της Alison . Μετά από περισσότερες ενδείξεις, η Spencer ανακαλύπτει ότι ο «Α» μπορεί να είναι η αδελφή της, Melissa, αλλά όταν η ίδια πάει στην φωλιά του «Α» ανακαλύπτει οτι τελικά πίσω από όλα κρύβεται η Μona.
